Попечительский совет Еврейского музея и центра толерантности создан в феврале 2013 года. В его состав входят видные представители как российских, так и международных деловых и политических кругов, религиозных и общественных организаций, культуры и искусства.
Задачи попечительского совета:
Попечительский совет Еврейского музея и центра толерантности утверждает стратегию развития музея, осуществляет программы по привлечению средств спонсоров и контроль за их расходованием на развитие музея.
Также попечительский совет обозначил для себя ряд моральных и этических задач, реализация которых призвана снизить национальную и религиозную напряжённость в обществе.
Среди таких задач: содействие формированию атмосферы межконфессиональной и межнациональной терпимости, продвижение музея в качестве открытой дискуссионной площадки для представителей всех религий и культур, людей различных взглядов и мировоззрений.